Das Movie spielt zwei Jahre nach dem Ende von Final Fantasy 7 und es herrscht trügerischer Friede auf dem Planeten. Zwar sind die Gegner Jenova, Sephiroth und ShinRa geschlagen und die Menschen beginnen langsam, ihre Städte wieder aufzubauen, doch eine merkwürdige neue Krankheit, welche "Planetennarben-Syndrom" ("Geostigma") genannt wird bringt neues Unheil. Es Handelt sich scheinbar bei dieser Krankheit um eine Reaktion des menschlichen Körpers auf die Einflüsse des Lebensstroms und der Jenova-Zellen - vorallem Kinder sind davon betroffen.

Die Hauptfigur, Cloud Strife aus Final Fantasy 7, hat einen Kurierdienst namens "Strife Courier Service" eröffnet und lebt zurückgezogen mit einigen Waisenkindern zusammen. Den Kontakt zu seinen ehemaligen Kameraden hat er mehr oder weniger verloren. Außerdem plagen ihn Zweifel, ob er damals richtig gehandelt hat. Er gibt sich die Schuld an Aerith Tod und er fühlt sich verlassen.

Durch einen Auftrag wird er schließlich dazu gezwungen, sein zurückgezogenes Leben aufzugeben und wieder zu kämpfen. Eine wichtige Rolle wird auch Vincent spielen, der maßgeblich Einfluss dabei hat.
Im Mittelpunkt des Konflikts stehen Cloud und seine Freunde, die sich nach und nach wieder um ihn scharen und auf der anderen Seite das Trio um die Jugendlichen Kadaj, Loz und Yazoo. Kadaj und seine Gang suchen nach ihrer "Mutter" und sind entschlossen, das "Geostigma" mit den Methoden ihrer Mutter zu besiegen - wie auch immer das aussehen mag, es erinnert an Sephiroth und seinen Plan, die Welt zu zerstören. Und das nicht nur, weil alle drei Sephiroth sehr ähnlich sehen.

Eine wichtige Rolle kommt auch den ehemaligen Turks Reno und Rude zu. Offenbar stehen sie Kadaj, Loz und Yazoo feindlich gegenüber. Ob sie sich wohl mit Cloud verbünden werden? Man staune und glaube es kaum aber Aerith und Zack, die man eigentlich für tot gehalten hat bekommen auch ihren Part. Sephiroth ist ebenfalls wieder mit dabei. Die bislang mysteriöseste Figur ist allerdings sicherlich der Mann in der weißen Robe. Angeblich wird er "Mr. President" genannt, woraus man schließen könnte, dass es sich um Rufus handelt. Genauso könnte es aber Jenova, Sephiroth, Hojo oder jemand anderes sein.